A Rába Győr-Moson-Sopron és Veszprém megyei szakasza erősen szabályozott, ennek ellenére mind az ártéren, mind a mentett oldalon értékes természetes élőhelyek maradtak fenn. Sajnálatos módon az elmúlt évszázad erdő- és folyógazdálkodása miatt a természetes ligeterdők aránya rendkívül alacsony (20% körül), de mind a puhafaligeteket (91E0), mind a keményfaligeteket (91F0) megtaláljuk a területen. A természetes erdők helyét zömmel nemes nyaras ültetvények foglalják el, amelyek szinte vonzzák a tájidegen növényfajokat (Solidago gigantea, Echynocystis lobata, Rudbeckia laciniata, Aster sp.). Nagyon szép ecsetpázsitos mocsárrétek (6440) és franciaperjés kaszálórétek (6450) maradtak fenn Győr környékén. A mélyebb fekvésű, csaknem állandóan vízzel borított területeken üde sás- és lápréteket (7230) találunk. Annak ellenére, hogy a part menti élőhelyek jelentős átalakuláson mentek keresztül számos közösségi jelentőségű és hazai védett faj él itt.
Vízfolyás lévén közösségi jelentőségű fajainak többsége is a vízhez kötődik. A halfaunájában jellemző a vágócsík (Cobitis taenia), a halványfoltú küllő (Gobio albipinnatus), a törpecsík (Sabanejewia aurata), a selymes durbincs (Gymnocephalus schraetzer), a magyar bucó (Zingel zingel) és a német bucó (Zingel streber) előfordulása. A vizekben több helyen gyakori a tompa folyamkagyló (Unio crassus), a bödöncsiga (Theodoxus transversalis) és előfordul az erdei szitakötő (Ophiogomphus cecilia) is. A Holt-Rába mentett oldali rétjein kisebb állománya él a vérfűboglárkának (Maculinea teleius) és a zanótboglárkának (Maculinea nausithous). A közösségi jelentőségű emlősöket a vidra (Lutra lutra) és a hód (Castor fiber) képviseli a területen. Az ártéri erdők fészkelő madara a barna kánya (Milvus migrans) és a fekete gólya (Ciconia nigra).