A Szigetköz a Duna és a Mosoni-Duna közösségi jelentőségű természeti értékeinek megőrzésére kijelölt Natura 2000 terület. A kiemelt jelentőségű természetmegőrzési terület és a különleges madárvédelmi terület határai teljesen megegyeznek.
A helyenként drasztikus emberi átalakító tevékenység ellenére folyó mentén nagy kiterjedésben maradtak meg természetes puhafa- (91E0) és keményfaligetek (91F0). Sajnálatos módon az egykori ligeterdők helyén ma sok helyen nemes nyár ültetvényeket találunk. Az ártéren és a mentett oldalon több helyen szép folyómenti mocsárréteket (6440), illetve sík- és dombvidéki kaszálóréteket (6510) találunk. Ásványráró térségében még maradtak meg kiszáradó kékperjés láprétek (6410) és üde sás- és láprétek (7230) is.
Kiemelten gazdag a szigetközi vízfolyások halfaunája, amelyben számos közösségi jelentőségű faj is előfordul, így jellemző a vágócsík (Cobitis taenia), a botos kölönte (Cottus gobio), halványfoltú küllő (Gobio albipinnatus), selymes durbincs (Gymnocephalus schraetzer), a széles durbincs (Gymnocephalus baloni), a dunai galóca (Hucho hucho), a szivárványos ökle (Rhodeus sericeus amarus), a törpecsík (Sabanejewia aurata) és a magyar bucó (Zingel zingel) előfordulása.
Szintén a vizekhez kötődik az erdei szitakötő (Ophiogomphus cecilia) és a lápi szitakötő (Leucorrhinia pectoralis), az idős vízparti füzesekben helyenként előfordul a remetebogár (Osmoderma eremita). Az állóvizek jellemző faja a vöröshasú unka (Bombina bombina) és a dunai tarajosgőte (Triturus dobrogicus). Ritkán, de találkozhatunk mocsári teknőssel (Emys orbicularis) is.
Spontán telepedett vissza a Szigetközbe a hód (Castor fiber) és rendszeresen találkozhatunk az egykor ritkának számító vidrával (Lutra lutra). A szigetközi mocsárrétek jellemző lepke fajai a vérfűboglárka (Maculinea teleius), a nagy tűzlepke (Lycaena dispar) és a zanótboglárka (Maculinea nausithous). A lipóti Holt-Duna ritka emlős faja az északi pocok (Microtus oeconomus mehelyi).
A közösségi jelentőségi növényfajok közül jelenlegi ismereteink szerint kizárólag a kúszó zeller (Apium repens) fordul elő.
A különleges madárvédelmi terület jelölő fajai közül legnagyobb mennyiségben a récefélék, így a tőkés réce (Anas platyrhynchos), a csörgő réce (Anas crecca), a barátréce (Aythya ferina), kontyos réce (Aythya fuligula) és a kerceréce (Bucephala clangula) fordulnak elő. Gyakori faj a szárcsa (Fulica atra) is és a Szigetközben él a megye legnagyobb kárókatona (Phalacrocorax carbo) állománya. Az említett fajokon kívül jellemző a szürke gém (Ardea cinerea), a vörös gém (Ardea purpurea), a bölömbika (Botaurus stellaris), a fekete gólya (Ciconia nigra), a bütykös hattyú (Cygnus olor), a fekete harkály (Dryocopus martius), a nagy kócsag (Egretta alba), a rétisas (Haliaeetus albicilla), a törpegém (Ixobrychus minutus), a viharsirály (Larus canus), a dankasirály (Larus ridibundus), a kis bukó (Mergus albellus), a bakcsó (Nycticorax nycticorax), a kis kárókatona (Phalacrocorax pygmeus) és a búbos vöcsök (Podiceps cristatus) előfordulása.
A terület fontosabb adatai
Terület azonosítója: HUFH30004
Terület elnevezése: Szigetköz
Terület besorolása: kiemelt jelentőségű természetmegőrzésiterület
különleges madárvédelmi terület
Terület kiterjedése: 17184,85 ha
