A hansági Natura 2000 terület az Észak- és a Dél-Hanság, illetve a Tóköz (Barbacsi-tó és Fehértő környéke) megmaradt természetes élőhelyeit fedi le. A megmaradt természetes élőhelyek természetesen már csak a töredékét őrzik az egykori kiterjedt lápvilágnak, de a lecsapolások ellenére is számos közösségi jelentőségű természeti érték található itt.
Az előforduló közösségi jelentőségű élőhelyek közül legnagyobb kiterjedésben mocsárréteket (6440) és kékperjés lápréteket (6410) találunk. Az egykori vízivilág a lecsapolások következtében csaknem teljesen eltűnt, de a Nemzeti Park élőhely-rekonstrukciós tevékenysége következtében ismét találunk nagy kiterjedésű vízfelületeket (3150 és 3160) a Hanságban. Kiemelkedő a hansági láperdők (91E0) és keményfás ligeterdők (91F0) jelentősége.
A Hanság legjelentősebb közösségi jelentőségű állatfaja a rákosi vipera (Vipera ursinii ssp. rakosiensis), amelynek a hansági állományon kívül csak a Kiskunságban maradtak fenn populációi. A kétéltűek közül gyakori a vöröshasú unka (Bombina bombina) és a dunai tarajosgőte (Triturus dobrogicus). Ritkán, de találkozhatunk a mocsári teknőssel (Emys orbicularis) is.
A hansági csatornákban, a tőzegbányák bányagödreiben maradtak meg a lápi szitakötő (Leucorrhinia pectoralis) és a díszes légivadász (Coenagrion ornatum) állományai, de itt él a lápi póc (Umbra krameri) és a vágócsík (Cobitis taenia) is.
A közösségi jelentőségű emlősfajok közül a vidra (Lutra lutra), a hód (Castor fiber), az északi pocok (Microtus oeconomus mehelyi) és a közönséges denevér (Myotis myotis) fordul elő a Hanságban. A lápréteken mára megritkult, de még élnek a vérfűboglárka (Maculinea teleius), a nagy tűzlepke (Lycaena dispar) és a zanótboglárka (Maculinea nausithous) kisebb állományai.
A lecsapolásokat követően a nyílt vízfelületek csaknem teljesen megszűntek a Hanságban, így az ezekhez kötődő madárvilág is részben eltűnt. A NPI élőhely-rekonstukciós tevékenysége következtében azonban újra nagy tömegben jelentek meg a korábban megritkult fajok. A Nyirkai-Hany az elmúlt öt évben a vízimadár vonulás jelentős állomásává vált. Vonuláskor több ezres csapatokban jelenik meg a nyári lúd (Anser fabalis), a vetési lúd (Anser anser) és a nagy lilik (Anser albifrons). A Hanság jelentős fészkelője a szárcsa (Fulica atra), a szürke gém (Ardea cinerea), a vörös gém (Ardea purpurea), a nagy kócsag (Egretta alba) és a a törpegém (Ixobrychus minutus), de a jelölő fajok között megtaláljuk a harist (Crex crex), a pettyes vizicsibét (Porzana porzana), a rétisast (Haliaeetus albicilla), a dankasirályt (Larus ridibundus) vagy a bölömbikát (Botaurus stellaris).